Kahden Transformers-ryhmittymän - autobottien ja decepticonien (selkeästi luonnehdittu: entinen hyvä, jälkimmäinen huono) - välisen raivokkaan Cybertron-taistelun lopussa avaruuteen ilmestyy yhtäkkiä musta aukko, joka uhkaa tuhota maailmankaikkeus ja siten myös heidän planeettansa. Vector Prime -yhtiöltä saatujen tietojen ansiosta vanhin muuntaja, autobotit ja heidän johtaja Optimus löytävät planeettavoiman, salaperäisen esi-isän, joka pystyy pelastamaan Galaxy. Mutta myös, jos se joutuu vääriin käsiin, voittaa se. Autobotit aloittavat siten kilpailun aikaa löytääksesi planeettavoiman ennen Decepticoneja, jälleen Megatronin johdolla. Matkansa aikana Muuntajat tapaavat eri planeettojen asukkaat, myös maapallon.