Fallito il primo tentativo di invasione informatica, Keel ordina al governo di attaccare la Nerv con tutte le armi da guerra dell'esercito. Così, in poco tempo l'area intorno alla Nerv viene circondata dai soldati, che hanno l'ordine di occupare l'istituto, recuperare gli Eva, e uccidere tutti, compresi i feriti. L'attacco inizia e Misato ordina allora di trasferire Eva e piloti in un posto sicuro. Asuka nonostante il suo stato di coma, viene trasferita sullo 02, visto il fatto che restare lì, ormai non è più sicuro. Misato fa inviare lo 02 nel lago vicino alla Nerv. Shinji e Rei sono scomparsi. Shinji si trova in serio pericolo all'interno della Nerv. Infatti i soldati soldati che sono già penetrati nella Nerv, non fanno prigionieri e potrebbero uccidere anche chi si arrende. Misato ordina di inondare i corridoi con la bachelite speciale, sperando di riuscire a rallentare gli uomini dell'esercito, quindi carica la sua pistola e, dopo aver affidato il comando a Makoto, corre da Shinji.
  L'esercito si avvicina, e Makoto e Shigeru tirano fuori le armi, proprio nel momento in cui un'esplosione annuncia l'arrivo dei soldati. Shigeru passa una pistola a Maya, ma lei, difensore della vita ad ogni costo, si rifiuta di sparare a degli esseri umani. I soldati invece non hanno di questi sensi di colpa, e continuano a sparare. Intanto Rei si trova nella stanza dove ci sono i resti dei cloni dove viene raggiunta da Gendo che la invita a scappare. Alcuni soldati trovano Shinji e gli puntano le armi contro. Ma in quel momento arriva Misato che, riesce a liberarlo. Quindi afferra Shinji e lo trascina verso la sua auto, visto che il ragazzo ancor più chiuso nella sua disperazione, non ha alcuna voglia di alzarsi ne' di vivere. L'attacco intanto prosegue, e l'esercito occupa la base sotterranea della Nerv. Misato conduce Shinji al luogo in cui e' stato portato il suo EVA-01. Durante il viaggio gli racconta cio' che ha scoperto sulle intenzioni della Seele, svelandogli il segreto dell'umanintà. Gli uomini sono in realta' figli di Lilith (un'entità angelica che è stata recuperata dalla Nerv), e quindi l'intera umanita' si puo' considerare come il diciottesimo Angelo. Gli Angeli precedenti, anch'essi nati da Lilith, erano evoluzioni alternative alla forma umana. Intanto, all'interno dello 02, Asuka in stato di coma, dentro di sè continua a combattere con la morte. D'un tratto, alle sue invocazioni di non voler morire, comincia a rispondere una voce femminile; è la madre che gli compare in sogno . Allora capisce che lo spirito della madre e' nello 02, e nel momento in cui le da' la mano, si risveglia dal coma ed il suo tasso di sincronia con lo 02 torna di colpo alto. Così lo 02 si risveglia, e una volta in superficie attacca l'esercito. Asuka, si sente protetta dalla madre.  La Seele, risponde all'attacco dello 02 e così fa entrare in azione le "sue" unità Evangelion: così, nove aerei lanciano nove Evangelion bianchi, dotati di motore ad energia continua. I nove Eva atterrano circondando lo 02 di Asuka, e Misato le dice che devono essere abbattuti. Asuka nota che mancano poco più di tre minuti allo scadere dell'energia del suo 02, nonostante tutto, si lancia all'attacco contro di loro.
I 9 Eva della Seel volano al di sopra dell'Eva02 come gli avvoltoi sul loro pasto...

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