Mentre Misato cerca di convincere Shinji a salire sullo 01, viene ferita dai soldati, che però riesce a sconfiggere. I due continuano a parlare. Shinji colto dal suo vittimismo, non se la sente di salire di nuovo sull'evangelion in quanto è a causa sua che Asuka si trova in quella situazione. Misato lo rimprovera, poi gli dice che solo pilotando l'Eva potrà cercare le risposte alle sue domande. Misato dà a Shinji la croce che porta al collo, quindi gli da' un bacio sulla bocca, dicendo che continueranno il discorso quando tornerà, quindi lo chiude nell'ascensore che lo porterà alla guida dello 01. La ferita provocata dai soldati e' stata mortale, e Misato muore. Shinji, nell'ascensore, sente in bocca in sapore del sangue di Misato, capisce che la ferita della giovane è mortale, quindi scoppia in lacrime. Intanto, mentre Asuka continua a combattere contro gli Eva della Seele, Gendo e Rei giungono davanti a Lilith, ma lì vi trovano Ritsuko, che punta contro di loro una pistola e annuncia di avere un telecomando con il quale comandera' ai MAGI la distruzione della Nerv. Ritsuko attiva il comando, ma l'esplosione non avviene, quindi Gendo estrae una pistola e la spara. Ritusko cade nel mare di LCL che sgorga da Lilith. Mentre cade, vede un'altra Rei. Intanto, Asuka continua a combattere da sola contro gli Eva della Seele, ma Shinji, pur ascoltando tutto, continua a restarsene seduto nell'hangar dello 01 senza fare niente. L'energia dello 02 sta per terminare, ma nonostante Asuka si impegni allo spasimo, gli Eva della Seele dopo aver trafitto con le lance il suo corpo, si lanciano come avvoltoi su di esso e lo dilaniano. A questo punto,Shinji spinto dallo 01 che si muove da solo, sale a bordo.Intanto, lo 01 si alza in volo, ma Shinji vede i resti dello 02 divorato dagli Eva della Seele, percio' urla con quanto fiato ha in gola. Gendo decide che è ora di compiere l'esperimento su Rei, e mentre parla il braccio di sinistra della ragazza si stacca. Gendo appoggia la mano sul petto di Rei: la mano penetra nel corpo della ragazza, e Gendo la porta in basso, dicendo che è giunto il momento di abbandonare i corpi inutili ed unire tutte le anime. Andiamo dove si trova Yui. Shinji precipita in uno stato di tremenda disperazione e si pente di non essere intervenuto a salvare Asuka e ora vuole morire. Come se lo avesse ascoltato, la vera Lancia di Longino abbandona l'orbita lunare e piomba sulla Terra, fermandosi a pochi passi dal collo dello 01. Il progetto della Seele puo' compiersi, ed i membri iniziano ad intonare una specie di invocazione, mentre i loro Evangelion raggiungono in aria lo 01 e lo portano piu' in alto. Il Geo Front inizia a sollevarsi, poiche' esso ingloba la LUNA NERA, il luogo dove venne rinvenuta Lilith, che e' il luogo dove e' nata l'umanita'. Mentre Gendo opera su Rei, questa sente il grido di dolore di Shinji. Staccando il braccio a Gendo e rigenerando il suo Rei vola verso Lilith, dicendo che e' tornata a casa, ed entra dentro di lei mentre Lilith le risponde: Bentornata. Liberandosi dai chiodi Lilith comincia a crescere e a diventare gigantesca, quindi raggiunge l' EVA- 01. Shinji, terrorizzato, nota che la gigantessa e' simile a Rei, e la chiama per nome: Lilith assume cosi' la forma della ragazza. Gli Eva della Seele la accerchiano, per assimilarla.Dalle bocche degli Evangelion della Seel escono migliaia di facce di Rei, il volto di Lilith si deforma, e cio' aumenta il terrore di Shinji, mentre sul corpo dello 01 appare il suo nucleo. Alfine di non traumatizzare eccessivamente Shinji, Lilith cambia forma, trasformandosi in Kaworu.Quindi, Shinji si rassicura alla vista del suo migliore amico. Intanto la Lancia di Longino si avvicina al nucleo dello 01 e nonappena lo tocca, lo' EVA-01 si trasforma in una specie di gigantesca croce, dalla quale spuntano degli occhi. Shinji comincia a rivedere le figure del suo passato. Gli uomini hanno avuto il Frutto della Conoscenza, e gli Angeli il Frutto della Vita. Ora che lo 01 li ha entrambi, e' come un dio. Se diventera' l'Arca della Salvezza oppure il Distruttore, sara' il figlio di Ikari a stabilirlo. La Luna Nera ha superato la stratosfera, e Lilith la prende per le mani, aprendo le ali. Migliaia di Rei appaiono dappertutto, trasformando i corpi in LCL. Makoto, Maya, Fuyutsuki e Shigeru rivedono le loro persone più care che sono morte, rispettivamnente Misato, Ritsuko e Rei, prima di essere trasformati tutti quanti in LCL compreso Keel. Gendo invece viene divorato da un'apparizione dello 01, come espiazione del male inferto a Shinji, nonostante lui si giustifichi e si penta dicendo che la sua presenza avrebbe soltanto danneggiato il ragazzo. Mentre gli Eva della Seele si traffigono dolorosamente i nuclei con le loro lance, gli uomini di tutta la terra si trasformano in LCL. Alla fine, lo 01 viene accolto dal gigantesco corpo di Lilith, al cui interno fluttuano le migliaia di Rei. All'interno di Lilith avviene la raccolta degli uomini sotto forma di liquido LCL. Shinji e Rei si trovano in questo mare, mentre quest'ultima stà per assimilare il suo amico, posandoli le mani sul corpo. Shinji ripensa alla croce di Misato e pensa che tutto ciò che stà accadendo non sia giusto. Prende le braccia di Rei e le allontana dal suo corpo. Appare allora anche Kaworu, che chiede perche' Shinji voglia che tutto ritorni come prima, nonostante le suecontinue sofferenze passate. Rei gli risponde che Kaworu e Shinji rappresentano la speranza: la speranza che le persone possano amarsi e capirsi. E' il cuore delle persone che le trasforma e tutti coloro che sono stati trasformati in LCL potranno tornare alla loro forma umana se nei loro cuori lo vorranno. Lo 01 esce dal corpo di Lilith, che comincia a disfarsi, mentre gli Eva della Seele si pietrificano e precipitano sulla Terra. Shinji rivede sua madre che lo incoraggia alla vita, perchè solo con essa c'è la possibilità di rigenerarsi e trovare il paradiso della felicità sulla terra. Yui se ne va, con lo 01, con la Lancia di Longino, nello spazio, affinche' l'universo conosca che la vita sulla Terra continua. Shinji si risveglia in una spiaggia della terra. L'LCL orbita intorno alla Terra, e Shinji rivede Re i e Asuka

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