Nabari. Bind 1

I landsbyen Banten skifter Miharu Rokujo, en dreng, der går på mellemskolen, mellem at studere og arbejde som kok i en restaurant. Professor Tobari og klassekammerat Koichi ,, insisterer på, at Miharu er en del af Nindo-klubben for at lære Shinobi (Ninja )'s kampteknik. Dette skyldes, at den unge studerende uden hans viden holder inde i sig selv Shinrabansho, en hemmelig kunst, der gør det muligt for ejeren at kontrollere hele universet, og er målet for Kairoshu of Iga, en ond og krigerorganisation for Ninja .... Indeholder episoderne: Mission 1: Den, der vågner; Mission 2: Raimei ankommer; Mission 3: Overfaldet; Mission 4: Meddelelsen om en mission ..

Nabari. Bind 2

Efter at have bedt Miharu, Raimei og Koichi om at vende tilbage til Banten, beslutter Tobari at blive i Fuma for at tale om karakteristika ved missionen med Kotaro. Han viser sig at være meget kynisk og hensynsløs og dermed provokere professorens vrede. I mellemtiden, i Banten, er Miharu taget af Yoite. Koichi, Raimei og Tobari begynder at lede efter noget spor, der kan føre til Miharu, men til ingen nytte. I mellemtiden beder Yoite undervejs Miharu om at hjælpe ham. Kiras skræmmende udøver ville faktisk længes efter at fjerne sin egen eksistens fra universet ved hjælp af Shinrabansho. .... Indeholder episoderne: Mission 5: Wishes; Mission 6: Valget; Mission 7: Hjertens beslutning; Mission 8: Tanken, der overføres.

Nabari. Bind 3

Raiko, Raimeis bror, er den der er skyldig i massakren på sin egen familie. Under ordre fra Kairoshu påtager han sig rollen som "wakachi", det er en slags politi i Nabaris verden, der fordømmer Shinobi, der ikke overholder lovene, men på kort tid vil også han blive tvunget til at blive dømt af Raimei! I mellemtiden overtaler Hanabusa, Tobaris ven, sidstnævnte til at give indkvartering til Yoite og Miharu. I løbet af natten snakker de to om, hvordan man får Shinrabanso .... Indeholder episoderne: Mission 9: Prelude; Mission 10: Raimei og Raiko; Mission 11: Curtain Call; Mission 12: Vilje.

Nabari. Bind 4

Shinobi fra Banten og Kairoshu får en invitation til at slutte sig til landsbyen Koga, der ligger i en uddannelsesinstitution, til en række møder om Nabari's fremtid, men natten over på Alya Institute, hovedkvarter for landsbyen Koga, begge grupper er angrebet af skolelever. Således bliver det kendt, at inde i landsbyen Koga er der en krig mellem fraktionen af ​​oprørsprofessorer ledet af professor Kannuki og repræsentanterne for studenterrådet, der forsvarer rektoren. Begge sider leder efter Daya, det universelle middel, Kogas forbudte teknik ..... Indeholder episoderne: Mission 13: En skole, der ikke sover; Mission 14: Sent om aftenen; Mission 15: Adskillelse om morgenen; Mission 16: Besøgende langtfra;

Nabari. Bind 5

Situationen forværredes: under pres for anmodninger fra sin chef Hattori brød Yukimi ind i Tobaris hjem, selvom professoren ikke er der. Her møder han sin kæreste, Hanabusa, og i strid med Nabaris verdens lov om jern involverer han hende i striden om Engetsurins opnåelse, men til ingen nytte ..... Indeholder episoderne: Mission 17: Momentet for sammenbrud; Mission 18: Den kaldende stemme; Mission 19: Profilen til dødsguden; Mission 20: Til Togakushi;

Nabari. Bind 6

Togakushi er blevet ødelagt, og Kairoshu har taget tre vigtige fanger som gidsel: Yoite, forræderen, Miharu eller Shinrabansho, og Yae Oda, lederen af ​​Togakushi, der kan læse tanker og tilkalde feen. I mellemtiden henvender Raimei og Koichi sig til Kotaro Fuma for at få oplysninger om det sted, hvor Miharu bliver fængslet ..... Indeholder episoderne: Mission 21: Ambition; Mission 22: Mission Chaos; 23: Aktivering ..